Calcolo Computerizzato ad Elevate Prestazioni per il Sequenziamento di Prossima Generazione

Pubblicato il 5 Aprile 2012 da Andreas Gisel

Il Sequenziamento di Prossima Generazione ha portato volumi di dati mai visti prima al dibattito tra i bioinformatici. La riduzione dei costi nel NSG lascia prevedere l’adozione di massa di queste tecnologie da parte della comunità di ricerca genomica. Il Calcolo Computerizzato ad Elevate Prestazioni potrebbe essere una scelta necessaria per una efficiente elaborazione ed analisi di una tale spaventosa mole di dati. Il seminario HPC4NGS SeqAhead presenta i recenti progressi nell’applicazione di soluzioni di Calcolo Computerizzato ad Elevate Prestazioni per l’SNG. Il Seminario tratta degli sviluppi nel Calcolo Computerizzato ad Elevate Prestazioni per l’assemblaggio, la mappatura, il sequenziamento dell’RNA, l’analisi di variante, ed altro ancora  ed è rivolto a bioinformatici e ad informatici che si interessano di NSG.

Organizatore:                     COST Action SeqAhead
Organizzatori Locali:      Ana Conesa, Ignacio Medina, Joaquín Dopazo
Sede:                                      Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spagna
Tassa di Iscrizione :         70€ (comprende materiali, pranzi e pause caffè)
Iscrizioni:                             http://bioinfo.cipf.es/courses/registration/hpccourse
Ulteriori Informazioni:  aconesa@cipf.es e http://bioinfo.cipf.es/courses/hpc4ngs

Programma
21 Maggio:

  • 09:00-09:30 Registrazione dei Partecipanti e Saluto di Benvenuto:
  • 09:30-10:00: Introduzione al Calcolo Computerizzato ad Elevate Prestazioni (HPC) per il Sequenziamento di Prossima Generazione (NSG) Juan Manuel Orduña, UV, Spagna.
  • 10:00-11:00 Catena di Montaggio HPC per l’allineamento e l’analisi dei dati NSG. Ignacio Medina, CIPF, Spagna
  • 11:00-11:30 Pausa Caffè
  • 11:30-13:00 Tecnologie HPC applicate al BTW trasformato per massimizzare l’assemblaggio a lettura breve. Ignacio Blanquer, UPV, Spagna
  • 13:00-14:00 Pranzo
  • 14:00-16:00 GPGPU per l’analisi di dati NGS. Brian Lam, University of Cambridge, UK
  • 16:00-16:30 Pausa Caffè
  • 16:30-18:00 HPC per l’assemblaggio de novo. Martin Simonsen, CLC bio, Danimarca.

22 Maggio:

  • 09:30-10:15 Accelerazione della Smith Waterman mediante SSE/AVX and Open MP Joaquín Tárraga, CIPF, Spagna
  • 10:15-11:00 Soluzioni HPC per l’Analisi di variante. Cristina Gonzalez, CIPF, Spagna
  • 11:00-11:30 Pausa Caffè
  • 11:30-13:00 Programmazione Parallela  con StarSs. Rosa Badia, BSC, Spagna.
  • 13:00-14:00 Pranzo
  • 14:00-16:00 Soluzioni HPC per il Sequenziamento dell’RNA. Enrique Salvador Quintana, UJI, Spagna
  • 16:00-16:30 Pausa Caffè
  • 16:30-17:15 IT infrastrutture per l’analisi dei dati di Sequenziamento di Prossima Generazione (NSG) Pablo Escobar, CIPF, Spagna
  • 17:15-18:0 La strada verso Exabyte TBA, Oscar de Bustos, BULL Spagna

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