STORIA

La storia dell’iniziativa della creazione di un network italiano sulla NGS è breve, ma esplosiva. E’ assolutamente necessario che la comunità delle scienze della vita sia preparata all’enorme crescita dei dati NGS, la sfida che ciò presenta e le opportunità che offre. L’aver riconosciuto tali questioni e l’esigenza di cooperazione globale hanno fatto nascere l’idea di proporre l’Azione COST. L’Azione COST si è trasformata nell’azione concertata di oggi, come segue:

  • I proponenti di questa azione sono il dr. Erik Bongcam-Rudloff ed i dr. Andreas Gisel, Eija Korpelainen e Peter Rice, membri del Work Package 4 (WP4) “Test Cases” (“Casi di Prova”) nella Rete di Eccellenze FP6 (NoE) EMBRACE. Molti dei Casi di Prova raccolti dal WP4 riguardavano problemi relativi all’utilizzo di tecnologie di Sequenziamento di Nuova Generazione (NGS).
  • La consapevolezza dei problemi identificati nell’ambito del WP4 ha spinto il “Gruppo WP4” ad organizzare un primo workshop. Abbiamo deciso di formare una task force di cui facevano parte Erik Bongcam-Rudloff, Tiziana Castrignano, Eija Korpelainen, Inge Jonassen, Graziano Pesole, Nils-Einar Eriksson, Etienne de Villiers, Andreas Gisel, Laurent Falquet, JR Valverde and Gert Vriend.
  • Su www.nextgenerationsequencing.org abbiamo organizzato dal 18 al 20 novembre 009 a Roma, presso il CASPUR ed in collaborazione con BITS, il primo seminario ed hack-a-thon in cui ci siamo occupati di tutti i dettagli tecnici, e rivolti ad un pubblico di bioinformatici interessati alle questioni relative alla gestione ed analisi dei dati NGS. Un esauriente rapporto su questo workshop è disponibile su http://journal.embnet.org/index.php/embnetnews/article/view/60/207

  • L’acume delle questioni sollevate durante il workshop ha portato la Task Force a scrivere una proposta preliminare COST. La proposta preliminare è stata redatta da 6 membri, con la consulenza di diversi partecipanti al workshop, che hanno manifestato il proprio interesse ad entrare a far parte dell’Azione COST, se fosse stata finanziata.
  • Nel maggio del 2010 siamo stati invitati a presentare una proposta completa.
  • Incoraggiati dal successo del 1° workshop, ne abbiamo organizzato un secondo dal 16 al 17 giugno a Bari in Italia (Vedere il sito internet www.nextgenerationsequenceing.org per il programma, ecc.).
  • Il convegno di Bari aveva diversi scopi. Si è trattato sia di un workshop per lo scambio di idee ed informazioni, sia di una piattaforma per la discussione della struttura e delle idee per l’intera proposta COST. Tra i partecipanti nuovi partner sono stati invitati ad unirsi all’Azione e questi hanno attirato la nostra attenzione su colleghi che non erano presenti al convegno ma che probabilmente sarebbero stati interessati a partecipare. Per la relazione finale vedere su: http://journal.embnet.org/index.php/embnetjournal/article/view/176/382

  • La proposta completa ha superato con successo le fasi successive ed agli inizi di dicembre 2010l’Azione COST è stata ufficialmente approvata.
  • Sino ad oggi 12 paesi hanno firmato l’accordo preliminare ed il convegno di lancio si terrà alla fine di marzo o agli inizi di aprile.